上世紀90年代，各種特異功能、氣功組織層出不窮，法輪功也混跡其中，逐漸為人所關注。與此同時，其宣傳的荒謬“教義”和言論，也引來一些專家學者的批評，何祚庥就是最早站出來的學者之一。
17年前，物理學家、中國科學院院士何祚庥在《青少年科學博覽》上發表了《我不贊成青少年練氣功》一文，因文中提及法輪功導致中科院理論物理所一名研究生精神分裂，他的家開始不斷有法輪功習練者前來鬧事。
　　“我們隔著門跟法輪功的人辯論。搬家後，還有部分信徒在我們原住處門口留下字條：‘請後來的人注意，何祚庥已經搬走了……’，果然，我們的新家很快又被圍攻，我和家人還不斷接到騷擾電話。”如今回憶起來，何祚庥仍感吃驚，“法輪功不但對精神有危害，還聽不進批評，尋找各種機會來圍攻批評它的人。”
　　“他做報告時，常舉一個練法輪功有助於提高煉鋼水準、為我國科技發展做出貢獻的例子，說有位工程師練功以後元神出竅，鑽到了煉鋼爐裡去看到煉鋼成分，然後做出重大發明。我說他比孫悟空還厲害呢，孫悟空鑽的太上老君的爐子是碳爐，才800度，煉鋼爐是1400度。”
　　何祚庥這句俏皮的解讀，戳穿了李洪志的歪理邪說，但也引發李洪志發動一系列報復行動。1999年4月，在天津教育學院（現天津師範大學——編者注）院刊《青少年科技博覽》刊發了何祚庥文章的幾天後，李洪志親自策劃，“法輪大法研究會” 煽動上千名法輪功信徒圍堵在該校門口。
　　“他們靜坐示威，要求雜誌賠禮道歉。雜誌的同志跟我商量，我說我講的都是真實的事情，他們沒道理。”何祚庥說，最後，雜誌和他頂住了壓力，沒有理睬。
　　而在此前，何祚庥接受北京電視臺採訪時曾提及，“練法輪功，有些人練出點問題。” 結果北京電視臺也因此被法輪功學員包圍，要求電視臺賠禮道歉。
　　在圍攻北京電視臺事件後，李洪志還寫了一篇發給法輪功信眾的必讀文章《挖根》，文中稱：“全國各地有一些報紙、電臺、電視臺……破壞我們大法……這是一個不能忽視的人為的在破壞大法……北京大法弟子採取了一種特殊的辦法，叫那些人停止破壞大法，其實沒有錯。”
　　在這篇“經文”中，李洪志還警告那些不願參加圍攻的學員：“我早就看到有個別人，心不是為了維護大法，而是為了維護人類社會的什麼。你如果作為一個常人我不反對，做一個維護人類社會的好人當然是件好事。可是你現在是個修煉的人，站在什麼基點上看待大法，這是根子上的問題，也正是我要給你指出的。在你們的修煉中，我會用一切辦法暴露出你們所有的心，從根子上挖掉它。”
　　何祚庥說，正是這篇所謂“經文”，鼓動法輪功信徒不斷圍攻批評它的組織機構、專家人士。